Thiên hoàng đầu tiên ban cái tên Minamoto là Thiên hoàng Saga. Sau đó, Thiên hoàng Seiwa, Thiên hoàng Murakami, Thiên hoàng Uda, và Thiên hoàng Daigo, cũng ban cho các con mình cái tên Minamoto. Những dòng hậu duệ từ các Thiên hoàng khác nhau phát triển thành các gia tộc riêng biệt, phân biệt bằng tên Thiên hoàng trước chữ Genji, ví dụ như "Seiwa Genji". Theo một số nguồn, người đầu tiên được ban họ Minamoto là Minamoto no Makoto, con trai thứ 7 của Thiên hoàng Saga.[1]

Năm 814 Thiên hoàng Saga (ở ngôi 809–823) ban thưởng kabane ("tính" – họ) Minamoto no Ason cho những người con trai không kế vị của ông; sau đó, họ và con cháu của họ không còn là thành viên Hoàng tộc nữa. Bảy Thiên hoàng sau đó cũng ban họ Minamoto cho những người con không kế vị.

Gia đình nổi bật nhất trong số các gia đình Minamoto, là gia tộc Seiwa Genji, hậu duệ của Minamoto no Tsunemoto (917–961), cháu nội của Thiên hoàng thứ 56 Seiwa. Tsunemoto đi đến nhiều tỉnh và trở thành người sáng lập ra một triều đại chiến binh lớn. Minamoto no Mitsunaka (912–997) liên minh với nhà Fujiwara. Sau đó, nhà Fujiwara thường kêu gọi nhà Minamoto đến vãn hồi trật tự tại kinh đô, Heian-kyo (hay Kyoto).[2]:240–241

Con cả của Mitsunaka, Minamoto no Yorimitsu (948–1021), trở thành học trò của Fujiwara no Michinaga; một người con khác của ông, Minamoto no Yorinobu (968–1048) đánh bại cuộc nổi loạn của Taira no Tadatsune năm 1032. Con trai của Yorinobu, Minamoto no Yoriyoshi (998–1075), và cháu nội, Minamoto no Yoshiie (1039–1106), bình định phần lớn miền Đông Bắc Nhật Bản từ năm 1051 đến năm 1087.[2]

Vận rủi đến với gia tộc Seiwa Genji trong loạn Hōgen (1156), khi nhà Taira xử tử phần lớn người trong gia đình. Trong loạn Heiji (1160), tộc trưởng của gia tộc Seiwa Genji, Minamoto no Yoshitomo, tử trận. Taira no Kiyomori nắm quyền ở Kyoto bằng cách giả liên minh với Pháp hoàng Shirakawa và Toba và cài người vào các kuge (công gia). Ông lưu đày Minamoto no Yoritomo (1147–1199), con trai thứ ba của Minamoto no Yoshimoto của gia tộc Seiwa Genji. Năm 1180, Yoritomo khởi binh chống lại sự thống trị của nhà Taira (Chiến tranh Genpei hay Chiến tranh Taira-Minamoto), mà đỉnh cao là sự diệt vong của nhà Taira và sự chinh phục Tây Nhật Bản trong vòng 5 năm. Năm 1192 ông nhận tước hiệu Shogun và lập bakufu ở Kamakura.[2]:275,259–260, 289–305,331

Từ đó, chi Seiwa Genji chứng minh họ là chi hùng mạnh và có ảnh hưởng nhất trong các chi Minamoto trong suốt những năm cuối thời Heian, với Minamoto no Yoritomo cuối cùng thành lập Mạc phủ Kamakura và trở thành Shogun năm 1192. Các gia tộc Ashikaga (thành lập Mạc phủ Ashikaga), Nitta, và Takeda cũng từ chi Seiwa Genji mà ra.

Nhân vật chính của Truyện kể Genji, Hikaru no Genji, được vua cha ban cái tên Minamoto vì lý do chính trị, đã từng bị lưu đày và sau này trở thành đại quan trong triều.

Chiến tranh Genpei cũng là chủ đề của cuốn truyện sử thi Heike monogatari (Truyện kể Heike).